El Área Natural Protegida Finca Los Frailes se encuentra en el centro geográfico del municipio costero de Loíza, en la Región Metro-Central de Puerto Rico. Esta protege aproximadamente un 7% del Área de Planificación Especial de Piñones, una extensión de cerca de 10,000 cuerdas de terreno designada en el 1978 por el Programa de Manejo de la Zona Costanera y principalmente localizada en Loíza, y en menor medida en los municipios de Canóvanas y Carolina.

Se trata de una área de gran tamaño que integra una compleja red de lagunas estuarinas, manglares, bosques de Pterocarpus, humedales herbáceos y llanos costeros protegidos del océano por una larga cadena de dunas costeras, plantíos de palma de coco, bosques litorales y otras comunidades vegetales. Finca Los Frailes se encuentra en la zona de vida de bosque húmedo subtropical y provee hábitats para unas 95 especies de plantas y unas 49 especies de animales, incluyendo varias especies endémicas clasificadas como de preocupación, elementos críticos o en peligro de extinción. El área también forma parte del sistema del Estuario de la Bahía de San Juan, que constituye el complejo de lagunas y manglares costeros más grande de Puerto Rico y uno de los más sobresalientes de su tipo en todo el Caribe.

Aunque la presencia humana en el área se remonta posiblemente hasta pobladores Pre-Taínos, Finca Los Frailes es una porción pequeña de una parcela de mucho mayor tamaño originalmente conocida como el Hato Los Frailes. Su nombre y su origen datan del siglo XVI, cuando las tierras eran propiedad de la orden de los dominicos, quienes operaban una estancia de esclavos dedicada a la agricultura y la ganadería en la zona.

Lo que quedó de la propiedad original tras múltiples expropiaciones, fue segregado a mediados del siglo XIX en 24 lotes que hasta la actualidad son propiedad de distintas entidades públicas y personas particulares. Este hecho ha contribuido significativamente a impedir una designación del área como Reserva Natural por parte de la Junta de Planificación de Puerto Rico que data del 1978, y que forma parte del Programa de Manejo de la Zona Costanera.

Las cerca de 700 cuerdas que componen el Área Natural Protegida Finca Los Frailes fueron una donación hecha al Fideicomiso de Conservación de Puerto Rico el 1 de diciembre de 2006 por la Autoridad de Tierras de Puerto Rico, a raíz de un acuerdo judicial entre la Agencia de Protección Ambiental de los Estados Unidos y el gobierno de Puerto Rico debido a violaciones realizadas contra el Acta de Agua Limpia (Clean Water Act, 1972). Aunque la Finca Los Frailes y otras propiedades en la zona han recibido numerosas designaciones especiales a través de los años, hasta la fecha no han sido protegidas por ningún régimen específico de conservación ni por designación oficial alguna.